在处理图像和三维数据方面有一个强大且拓展性强的软件ImageJ，ImageJ本身功能不是特别多，但是多年以来积累了丰富的插件，使得其成为专业图像处理和数据科学、医学图像处理等领域的利器。FIJI ImageJ打包了很多插件，可以实现很多功能，但是总有需求超出功能的时候，我们可能希望自己开发插件。
ImageJ支持多种形式的拓展，支持用我们熟悉的Python语言（Jython）进行拓展开发，也支持JS脚本的macro开发，还支持Java开发的插件。实际上ImageJ开发插件是很简单的，有时候我们只需在demo代码基础上改上短短几行就能实现我们自己定制化的功能。这篇博客主要简单介绍script、macro和plugin开发的流程，指引一下资源位置，给简单的流程介绍，不会具体深入代码层面。
插件检索
建议使用FIJI ImageJ。开发插件之前首先确定我们需要的功能是否已经有人开发好，这样我们就可以直接拿来用了。FIJI ImageJ的本体就是ImageJ，FIJI打包了很多插件，我们可以先检查下有没有插件适合我们（或者功能相近，方便我们后面copy代码）。
在插件网站上查找有没有我们可以直接使用的插件或者代码，这里一般在搜索引擎或者官网进行检索：
在help->plugin management 插件更新管理中，可以看到已经安装的插件对应的网址
imagej nih的官网：imagej.nih.gov 其上方的plugins和resources中可以进行相关的查找
知乎也有专栏，介绍一些插件的使用：
https://zhuanlan.zhihu.com/c_1069243926476673024
Python脚本开发
fiji是支持python的（jython），我们可以使用熟悉的python来对imagej进行拓展
官网介绍：https://imagej.net/Jython_Scripting
https://imagej.net/scripting/jython/examples#jython-tutorials-for-imagej
脚本交互界面教程：https://imagej.net/scripting/generic-dialog
fiji脚本教程：https://syn.mrc-lmb.cam.ac.uk/acardona/fiji-tutorial/
fiji脚本教程的中文翻译：https://qixinbo.info/2018/09/15/imagej-python/
我们有两种方式可以打开脚本编辑器：
File-New-Script打开或者，或者在Command finder按下字母“i”，然后输入script，打开编辑器后选择语言为python， 然后键入代码，我们就已经可以开始开发了
脚本和imageJ的交互接口都在 ij 这个包，具体使用可以读上面的文档，或者教程。这里给一个简单的从脚本中获取打开图像的例子感受一下：
from ij import IJ
imp = IJ.getImage()
print imp
print "title:", imp.title
print "width:", imp.width
print "height:", imp.height
print "number of pixels:", imp.width*imp.height
print "number of slices:", imp.getNSlices()
print "number of channels:", imp.getNChannels()
print "number of time frames:", imp.getNFrames()
types = {ImagePlus.COLOR_RGB: "RGB",
ImagePlus.GRAY8: "8-bit",
ImagePlus.GRAY16: "16-bit",
ImagePlus.GRAY32: "32-bit",
ImagePlus.COLOR_256: "8-bit color"}
print "image type:", types[imp.type]
JS脚本macro开发引导
imagej中的宏就是一些可以快速执行的语句，其编写相对简单，不依赖额外环境，并且官网提供了很多demo，我们点开官网的macros->examples， 查找我们想要参考的例子，每个文件都是一个简单例子
我们把一个宏语句粘贴到我们程序中，这里我们可以选择Run运行文件，也可以选择Interactive Interpreter来交互执行
这里博主为了测试和调试选择交互执行，然后把命令文本粘贴进来就可以执行命令了，把命令保存成文件，也就可以变成一个简单插件了。
我们回来看下ArrayFunction部分的例子，其实有例子，代码也很容易看懂，和我们熟悉的其它脚本语言并无区别
// This macro demonstrates how to use the Array.* functions.
requires("1.42j");
a1 = newArray(10, 5, 15, 2, 1.23456);
a2 = Array.copy(a1);
list("copy", a2);
a2 = Array.trim(a1, 2);
list("trim", a2);
Array.sort(a1);
list("sort", a1);
Array.getStatistics(a1, min, max, mean, std);
print("stats");
print(" min: "+min);
print(" max: "+max);
print(" mean: "+mean);
print(" std dev: "+std);
Array.fill(a1, -1);
list("fill", a1);
a1 = newArray("one", "two", "three", "four");
print("");
a2 = Array.copy(a1);
list("copy", a2);
a2 = Array.trim(a1, 2);
list("trim", a2);
Array.sort(a1);
list("sort", a1);
function list(name, a) {
print(name);
for (i=0; i<a.length; i++)
print(" "+a[i]);
}
我们在此基础上简单修改，一个插件就编写好了
插件开发引导
由于博主在M1 mac上遇到一些java环境问题，所以博主没有实际操作（对博主来说用python可以满足需求了，博主并不加密源码）。这部分内容参考自：https://qixinbo.info/2018/10/06/imagej-plugins/
插件开发的好处是使用Java，可以将程序编译打包，防止源码泄漏。由于imagej对插件开发的api有两套（imagej和imagej2），最好统一成fiji imagej的版本（imagej2）。
简述一下过程，就是使用IDE对代码进行编译，将编译成的jar包拷贝到Fiji.app/plugins目录下，然后就可以在菜单栏中发现该插件，点击运行就可以了。
希望能有帮助。